成吉思汗统一蒙古各部落后,蒙医学并未形成成熟的医学体系,仍以民间疗术形式存在。元朝建立后也没有形成完整的蒙医学体系,仍用中医、回医和藏医等。但元朝时朝廷的药政管理是非常完善和全面的。当时的元大都和元上都均有医政院,鼓励各种医学发挥自己的作用。当时蒙医正骨学比较发达,尤其是战伤外科——这是举世公认的,但还没有形成完整的理论体系。明代,蒙医寒热、五元学说已基本形成,正骨学仍然很发达,代表人物有绰尔济·墨尔根等。当时,佛教在蒙古地区大量传播,随着佛教五明之一医明的传播以及通过东西两个途径进到蒙古地区的阿育吠陀医学的传播和藏医学的传播,蒙古地区的知识阶层将藏医学和阿育吠陀医学的知识及本民族原有的寒热、阴阳理论相结合形成了现代蒙医学的雏形。
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