《金陵全书》收录的南京文献，分为方志、史料、档案和文献四大类。
《金陵全书》按上述四大类分马甲、乙、丙、丁四编，以不同的封面颜色加以区分；每编酌分细类，原则上以成书时代为序分为若干册，依次编列序号。
《金陵全书》收录南京文献的地域范围，包括了清代江宁府所辖上元、江宁、句容、溧水、高淳、江浦、六合。
《金陵全书》收录的南京文献，其成书年代的下限为一九四九年。
《金陵全书》收录方志、史料和文献，尽量选用善本为底本。
《金陵全书》收录的档案以学术价值和实用价值较高为原则，一般选用延续时间较长、相对比较完整的档案全宗。
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