李时珍在编写《本草纲目》的时候，决定采用“以纲挈目”的体例来编，改变了原有上、中、下三品的药物分类法，按照矿物药、植物药、动物药来划分。矿物药又分为金部、玉部、石部、卤部等四部。植物药则根据植物的性能、形态及其生长的环境，分为草部、谷部、菜部、果部、木部等五部；草部又分为山草、芳草、隰草、毒草、水草、蔓草、石草等小类。动物药从低级到高级排列，为虫部、鳞部、介部、禽部、兽部、人部等六部。还有服器部。
中医有“虚则补之，实则泻之，热则寒之，寒则热之”的说法，讲的是不同病症有不同的用药方法，药物本身也有不同的功效。其中，“实”，指实证；“虚”，指虚证。如肝木受心火所伤，出现肝实证，由于肝是母，心是子，依照上述治病原则，应先泻心火，这就是所谓的“泻其子”；但若出现肝木虚弱证，则疗法不同，应先补生肝的肾，这就是所谓的“补其母”。故治病应根据病症的标本、急缓，而有相应的补泻方法。
本书正是以药物的功效对中药进行分类，打破了《本草纲目》原有的按自然类别区分的框架，使《本草纲目》的内容得到全新的诠释和延伸。本书依据药物的功效，把各种药物分成了解表药、清热药、祛风治湿药、利湿药、渗湿药、温里理气药、开窍安神药、泻下消食药、止血活血药、止咳化痰药、补虚健体药和收涩驱虫药。
每一分类中介绍若干种药物，这样，在使用本书时就可以对症找药、对症用方，把学术性的《本草纲目》变成更具实用性的家庭保健书。
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