以党建引领基层治理创新的现实挑战。一是对党建引领认识不到位。调研发现，部分基层党组织对自身领导核心、政治核心地位还缺乏正确认识，引领基层治理的积极性、主动性不够。也有的基层党组织和主要负责人对党的领导和政府工作之间的关系、基层治理和服务群众的关系认识不清楚，不知道如何通过党的工作引领、服务政府治理、社会治理工作。二是体制机制不顺影响基层党建工作的效能。党建工作需要顶层设计、系统谋划，需要明确定位、协调配合。目前，在基层党建方面仍然存在职能定位不够清晰问题，如街乡党组织行政性、事务性工作繁重；存在“条”“块”协调困难、领导体制还不够通畅问题。三是基层党组织工作创新还不能适应城市基层治理的精细化需求。现阶段北京基层治理面临一些薄弱环节和难点问题，各有其特点。但有些基层党组织和党员干部习惯于传统思维和工作方法，不会或不善于用法治方式解决问题，群众工作的能力不强，凝聚共识、整合资源的方式方法不多，因而陷入“老办法不管用、新办法不会用”的尴尬。
清单管理制度科学化的现实困境。权力清单和责任清单制度建设是“街乡吹哨、部门报到”如何真正把哨吹起来、吹得流畅又有效的重点问题。“吹哨报到”中基层的权力清单制度建设，目的在于明确政府权力边界，实行政务公开，将自身行政置于公众和社会的监督视野之下。责任清单与权力清单是相一致的。基层治理中责任清单的梳理构建不仅可以为基层治理主体“定责”，缓解属地责任的压力，而且可以使实际探索与行政诉讼制度衔接，弥补法律缺位带来的空白。
“街乡吹哨、部门报到”实施中权力清单、责任清单尚未能在法律和现实间实现有效连接。因“属地管理”责任的不断强化，“吹哨报到”中权力清单、责任清单所列的内容，与现行法律存在不一致的地方。例如，根据《地方组织法》，街道是区人民政府的派出机关，主要是履行基层工作中的领导、协调和监督等工作。就法理而言，行政授权须由法律明确规定，“吹哨报到”目前仅能够实现综合执法，进而服务于发展，还无法以机制创新对街道权力作出实质性调整。实践中，街道有时却作为一级行政主体，落实属地责任，实际履行了行政职权。这种法律规范与基层实践探索的脱节，街道属地责任落实与法律保留原则的不协调，造成“吹哨报到”机制实际运行的尴尬。在权力可以下移的方面，某些行政管理和权限审批的环节还需上级职能部门的监督和协调，在强化“属地管理”的情况下，反而容易导致效率低下、管理制度出现矛盾等。除此之外，还有一些相对显性的问题，如有权“吹哨”的人可能因清单界定不明晰，或理解执行不到位，造成不该“吹”的“哨”“吹”了、该被“吹”的部门没“吹”来、“吹”来的部门不是主责部门等一系列问题。
考核制度规范化的实践难题。落实“街乡吹哨、部门报到”机制，街乡在综合执法改革中探索将下沉执法者的党组织关系全部转入街乡，街乡党（工）委行使考核权，建立起以“区考核块、块考核条”为主要方式的督查考核制度，全面取消各职能部门对街乡的单独考核，变为由街乡考核职能部门，并实施考核结果与单位绩效考核挂钩，与被考核对象的选拔任用挂钩，与被考核单位专项经费核定挂钩。由于街乡在规范化建设、制度执行能力职能设置以及人员素质等方面还存在短板，在对部门的考核中，存在标准把握不精准、指标使用不科学等问题。而且，该考评方式在基层的实践并不完全统一，考核结果的使用也存在偏差。例如，街道目前还无法掌握人员下派后的主动权，对其所属部门的人事考核结果与如何运用的建议权很难落到实处，就会造成考核流于形式、“报到”后的工作激励等难以实现的结果。
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