（一）市场定义的困难
在反垄断法领域，市场的定义之所以重要是因为相当多的市场行为是否构成非法垄断的判断标准是以市场支配地位为基础的。反垄断法对于市场的定义通常是以产出方可替代性产品来定义其边界的。正如美国1992年横向合并指南中指出的，商品市场的份额通常可以通过销售、产量的美元份额（计价单位）来表达，也可通过评价销售、生产量、生产能力或库存等物理计量单位来表达。但对于技术市场而言，恐怕很难用显见的计数单位来计算某个竞争者的市场份额，因为技术的价值是通过许可的方式实现，但无论是未来许可的数量还是价格都是无法预见一个确定数字的，很难找到合适的计量单位来进一步计算其份额。
此外，很多学者认为，将传统的以市场价格弹性和限制产出能力作为确定市场定义的方法无法适用于以知识产权为基础的相关市场，因为传统的定义忽略了市场创新对于垄断地位的影响。这涉及对市场未来创新的可能和其市场化的速度进行预估，给执法机构增加了更多的困难。
（二）市场垄断地位判断的困难
作为竞争法的一般原则，各国竞争法都承认单纯地具有知识产权保护并不构成竞争法意义上的垄断地位。竞争法通常需要考察所涉的垄断者是否具有限制产出和提高价格的能力。因而如果市场上存在可替代的产品或技术，那么通常会导致竞争法认定占据市场垄断份额的竞争者并不具有市场支配地位。在知识产权领域这种特点更为突出，一项产品或技术获得了知识产权的保护并不意味着消费者失去了选择的机会。如果市场上存在替代性的产品或技术，或者市场上其他竞争者并未被排除独立开发替代性产品或技术的可能，则这种垄断地位可能并不存在。
在新经济时代，由于新技术向市场的转化速度明显加快，而全球性的营销和信息网络已经形成，因此新产品进入市场并打破原有市场垄断的速度大大加快。在这种情况下，静态的市场份额对于市场垄断地位判断的影响力将下降。因为，在涉及知识产权的市场中如果没有进入壁垒，竞争者将比较容易地开发替代产品和进入市场。而市场状况可能更多地处于动态的变化，而这其中还涉及对于现有竞争者或潜在竞争者未来开发以及市场化的速度和能力的预测。
（三）网络效应的影响
在新经济时代，影响市场竞争的一个重要的新因素是网络效应的形成，从另一个方面会巩固或加强市场垄断者的市场地位，并形成市场进入壁垒。所谓网络效应，指某个产品被市场普遍接受后，其他相关上下游产品出于兼容性的需求会开发与之配套的相关产品。而对于消费者而言，购买相关配套产品所引起的沉没成本（sunk cost）会阻碍消费者在短时间内接受新的替代产品，从而对于消费者形成锁定效应（lock-in）。因此，对于执法者而言在判断竞争者是否具有市场支配地位的同时，应当分析新产品进入的难度以及市场上是否已经形成网络效应等进入壁垒。
而在新经济时代，伴随着网络技术的发展和经济全球化的深入，产品销售和周边市场开发以及配套服务的范围也随之扩大。信息时代中的通信、信息和互联网产业都是以建立消费者之间的联系为基础的。如果一个占据市场垄断地位的竞争者拒绝较小的竞争者加入网络或借助其网络提供相关产品，那么新的竞争者或较小的竞争者则无法进入市场。在这种情况下建立在网络效应基础上的垄断地位很难被削弱，进而成为一种进入壁垒。
世纪之初的微软案，第一次明确地将网络效应对于市场支配地位的形成以及竞争的影响问题推上前台。在美国的第一次微软案中，微软公司在20世纪90年代后成为个人电脑操作系统的霸主，而与此同时网景（Netscape）为代表的其他浏览器软件开发商和操作系统开发商在相关领域仍然构成其潜在的竞争对手。由于微软的旗舰产品Windows操作系统已经占据巨大的市场份额，因此大多数的应用程序都是基于Windows操作系统来编写的。而如一个竞争对手想要开发与Windows可以竞争的操作系统，它将需要同时提供大量的配套用程序，包括文字处理和商业软件。如果不能提供一系列应用程序以适应商业需要，将会妨碍相关操作系统的推广使用，因此操作系统市场上存在很高的“进入壁垒”。
在对于事实的争论中，实际上本案双方都同意，操作系统具有明显的网络效应。作为用户当然希望他使用的操作系统可以允许尽可能多的所有他们想运行的应用程序适用。其结果是，应用程序的开发者更多的设计适用于最为流行的操作系统的程序，因为为特定的操作系统编写的应用程序软件，不能在不同的操作系统上运行。本案中还提到了其他的网效应。比如，操作系统变得越来越复杂，用户更愿意使用其习惯的操作系统，而公司倾向于在所有电脑上使用同样的操作系统，而且同一个操作系统也被其他的公司广泛使用。其他的网络效应包括文件交换的便利和互相学习的机会。
事实情况是，由于规模经济和网络效应，微软操作系统的成功导致较其他操作系统具有更多的（大约7000个）基于该操作系统的应用程序，因此巩固并加强了微软的市场份额。因此，这种互动效益导致一个“应用程序进入壁垒，其操作系统上的竞争对手很困难甚至不可能在相关市场上获得一席之地”。
在2004年的微软案中，欧盟委员会对于操作系统中的捆绑销售问题的分析明显地考虑到了软件产品中的网络效应。在该案中，尽管微软将其媒体播放器捆绑于其操作系统中，但用户依然可以通过下载使用其他媒体播放器。但欧盟认为虽然这些播放器软件实际上可以构成微软播放器的替代产品，但这种竞争由于其操作上的不便不足以对抗微软的支配地位。而这种将两个产品捆绑在一起销售的行为对于占据市场支配地位的企业而言本身就是一种违法行为，至于消费者实际上可以从其他渠道获得替代产品的事实并不使这种违法行为合法化。在本案中，欧盟委员会的观点是由于网络效应可能构成一种竞争壁垒从而应当成为认定垄断地位存在的一个重要的考虑因素。
在2007年欧盟微软案中，欧委会同样在其裁决中注意到了微软的Windows操作系统所带来的网络效应对于其市场支配地位的巩固与增强。欧委会通过审查相关证据发现，随着微软在操作系统领域的市场份额的增长，其同类产品的竞争对手的市场份额同步减少。欧委会认为这显然与微软拒绝提供兼容信息有关。因为随着Windows在操作系统领域的市场份额扩大，这些周边软件开发商当然可以从与微软的兼容性中开发出其他兼容于微软产品的软件从而大大提升客户的方便性；同时可能还可以通过微软市场份额的提升自动地带动其产品用户的增长。这样的互动关系使得周边软件开发商不愿意也不能转向其他公司开发的操作系统。从而进一步巩固了微软的垄断地位。
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