北京市畜牧总站为北京市全额拨款事业单位，主要职能是在北京市贯彻执行国家有关畜牧业的法律、法规、方针政策、发展战略，组织制定北京市畜牧业发展中长期规划、年度计划和政策措施并组织实施，组织拟订全市有关畜牧、兽医、兽药、饲料等地方性法规，负责畜禽养殖、种畜禽、饲料和畜产品质量安全等监督管理，指导全市畜牧业生产,引导畜牧业结构调整、区域布局和优质畜产品生产基地建设，指导畜牧业规模化养殖、标准化生产和产业化经营,促进畜牧业产前、产中、产后一体化发展，加强地方畜禽遗传资源的保护开发,推广畜禽新品种，培育、保护和发展畜产品品牌等。