前言
第一章 松材线虫概况
第一节 松材线虫生物学特性
一、松材线虫分类地位及形态特征
二、松材线虫生活史
三、松材线虫致病机理
四、松材线虫的致病性分化
第二节 松材线虫的危害
第三节 松材线虫与伴生真菌的关系
一、病木中松材线虫伴生真菌种类
二、伴生真菌维持松材线虫侵染循环
三、伴生真菌为松材线虫和拟松材线虫提供食料
四、伴生真菌调控松材线虫繁殖和种群结构
第四节 松材线虫与伴生细菌的关系
一、松材线虫与细菌伴生是生态现象
二、松材线虫伴生细菌种类
三、伴生细菌可能参与松材线虫致病
四、松材线虫和伴生细菌相互促进繁殖
五、松材线虫可能从伴生细菌获得功能基因
第五节 其他种类线虫与细菌的共生关系
一、昆虫病原线虫与细菌共生关系
二、植物病原线虫与细菌共生关系
第六节 微生物多样性研究进展
一、16S rDNA技术
二、宏基因组技术
第七节 微生物群落代谢途径重建
第二章 松材线虫伴生细菌Fosmid文库构建及特征分析
第一节 材料与方法
一、松材线虫培养及收集
二、松材线虫伴生细菌富集及DNA提取
三、松材线虫伴生细菌Fosmid文库构建
四、克隆插入片段大小检测
五、克隆稳定性检测
六、末端测序
第二节 结果与分析
一、松材线虫伴生细菌的富集和DNA提取
二、Fosmid文库构建
三、Fosmid文库插入片段大小检测
四、松材线虫伴生细菌Fosmid文库稳定性检测
五、末端测序分析
第三节 讨论
第三章 松材线虫伴生细菌多样性的宏基因组分析
第一节 材料方法
一、松材线虫培养及收集
二、松材线虫和伴生细菌总DNA提取
三、16S rDNA基因文库构建
四、测序结果手工处理
五、分类和丰度分析
六、构建系统发育树
七、454测序结果物种分析
八、核酸序列登录号
第二节 结果与分析
一、16S rDNA基因文库分析伴生细菌多样性
二、454测序分析伴生细菌多样性
三、两种方法细菌多样性比较
第三节 讨论
第四章 不同地理种群、致病类群松材线虫伴生细菌多样性分析
第一节 材料和方法
一、松材线虫样品来源
二、无菌松材线虫获得
三、无菌松材线虫和带菌松材线虫种群数量比较
四、松材线虫伴生细菌培养法分离
五、松材线虫和伴生细菌DNA提取
六、16S rDNA基因克隆和文库构建
七、16S rDNA基因序列分析和构建系统发育进化树
八、文库间微生物群落结构差异比较
九、数据统计分析
十、核酸序列登录号
第二节 结果分析
一、无菌松材线虫和野生型松材线虫繁殖数量比较
二、5个种群松材线虫可培养细菌多样性
三、5个种群松材线虫16S rDNA基因克隆文库细菌多样性
四、M型松材线虫和R型松材线虫伴生细菌多样性比较
五、入侵种群和土著种群松材线虫伴生细菌多样性比较
六、土著种群R型和M型松材线虫伴生细菌多样性比较
第三节 讨论
第五章 松材线虫伴生细菌宏基因组代谢途径分析
第一节 材料与方法
一、松材线虫伴生细菌富集及DNA提取
二、松材线虫伴生细菌DNA宏基因组测序
三、伴生细菌宏基因组序列拼装、物种分类和基因功能注释
四、伴生细菌宏基因组KEGG代谢途径注释
第二节 结果分析
一、宏基因组序列拼装及基因预测
二、Contig物种分类
三、ORF的COG（Cluster of Orthologous Groups of Proteins）功能注释
四、KEGG分析ORF参与代谢途径
第三节 讨论
第六章 拟松材线虫伴生细菌多样性分析
第一节 材料与方法
一、拟松材线虫样品来源
二、拟松材线虫伴生细菌分离培养
三、可培养细菌代谢特征
四、无菌拟松材线虫获得
五、无菌拟松材线虫和带菌拟松材线虫种群繁殖数量比较
六、拟松材线虫和伴生细菌DNA提取
七、16S rDNA基因克隆和文库构建
八、16S rDNA测序分析
九、统计分析
十、核酸序列登录号
第二节 结果分析
一、无菌拟松材线虫和带菌拟松材线虫种群数量比较
二、拟松材线虫可培养伴生细菌多样性
三、拟松材线虫伴生细菌16S rDNA基因文库细菌多样性
四、可培养细菌的代谢特性
第三节 讨论
参考文献