本书全面总结了国内外近5年尤其是近3年的肠道微生物组全新研究成果，有关研究进展更新到2020年5月。本书对于肠道真菌组、病毒组与人体健康的关系也单独设篇幅进行了详细阐述，这在国内外属于首创。
一、 人体肠道微生物组的组成和结构
2000 年前，关于成年人肠道菌群的大多数知识都来源于细胞培养方法。近期，由于非
培养方法的出现，人们研究肠道微生物组的方法有了极大的改进，这些方法有高通量筛选法和低成本测序法等。以细菌的16S 核糖体RNA 基因作为目标是一个很成功的方案，因为这个基因存在于所有的细菌、古生菌中，同时含有9 个高度变异区域（V1~V9），这个特征使得物种很容易被鉴定出来。从前的技术专注于测定完整的16S 核糖体RNA 基因，而近期16S 核糖体RNA 的测序已经转移到更短亚区，可以更加深入地去分析基因的特征信息。然而，基因信息的更短读取长度可能会引入错误。对于微生物组组成及多样性信息的更可靠评估需要由鸟枪法宏基因组测序来提供，这个方法具备更高的精确度和灵敏度。目前，来源于人类肠道宏基因组计划（Meta HIT）和人类微生物组计划（HMP）的结合数据已经为人体相关微生物组提供了最全面的研究数据信息。这些研究数据表明，人体中微生物菌群可分为2172 类，而这些菌群又可以被分为12 种不同的门类（生物学分级），其中93.5%属于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）以及拟杆菌门（Bacteroidetes）。在人体中，被鉴定出的所有菌种中有386 种是严格的厌氧型菌种，它们通常在人体的黏膜处（例如口腔、胃肠道）被发现。
肠道微生物组不像身体其他部位的微生物组有较高的多样性，显示出高度的功能冗余。人体肠道微生物组较广范围的功能已经被识别出来，将249 种新鉴定出的菌种和1018种已经被发布的菌种结合起来分析，总共有9879896 种基因被鉴定出来。微生物组具备鲜明的地域特征，这说明肠道微生物组成通常受饮食等环境因素影响，同时也可能会被宿主基因所影响。然而，组成成分不同的微生物组之间有一些共性，比如一定程度的功能冗余、产出相似的蛋白、具有相似的代谢图谱。这对于在疾病中通过修饰和塑造微生物组开发治疗方法非常关键。
第一章 肠道微生物组总论
第一节 人体肠道微生物组的组成及影响因素
一、 人体肠道微生物组的组成和结构
二、 影响肠道微生物组的因素
第二节 肠道微生物组与人体健康
本章小结
参考文献
第二章 肠道微生物组学
第一节 肠道微生物组的研究设计
一、 样本类型和收集
二、 样本的存储
三、 核酸提取
第二节 16S rRNA 基因序列分析技术
一、 16S rRNA 基因序列分析技术概述
二、 技术路线和步骤
第三节 宏基因组学技术
一、 宏基因组学技术概述
二、 技术路线和步骤
三、 多组学整合研究
本章小结
参考文献
第三章 肠道微生物组与肠道健康
第一节 肠道微生物组与肠易激综合征
一、 肠道微生物组和肠易激综合征
二、 肠道细菌对肠易激综合征的调控作用
三、 益生元
四、 合生元
五、 抗生素
六、 粪菌移植
七、 结论
第二节 肠道微生物组与炎症性肠病
一、 肠道菌群与炎症性肠病
二、 炎症性肠病药物治疗对肠道微生物组的影响
三、 针对肠道菌群失调的治疗策略
四、 结论
本章小结
参考文献
第四章 肠道微生物组与代谢性疾病
第一节 肠道微生物组与肥胖
一、 肠道微生物组调节宿主肥胖发生发展的机制
二、 与肥胖相关的肠道微生物组变化
三、 益生菌与益生元以肠道菌群为靶点改善肥胖的方案
四、 小结
第二节 肠道微生物组与高血压
一、 肠道微生物组与高血压简介
二、 肠道微生物组调节血压的机制
三、 益生菌在血压调节中的应用
四、 小结
第三节 肠道微生物组与糖尿病
一、 肠道微生物组与Ⅰ型糖尿病
二、 肠道微生物组和Ⅱ型糖尿病
三、 以肠道微生物组为靶点降低糖尿病风险的潜在措施
四、 小结
第四节 肠道菌群与非酒精性脂肪肝病
一、 肠道菌群结构失调影响非酒精性脂肪性肝病的机制
二、 调节肠道菌群治疗非酒精性脂肪肝
三、 肠道菌群与非酒精性脂肪肝关系的研究方法
四、 小结
第五节 痛风和高尿酸血症与微生物组
一、 痛风和高尿酸血症简介
二、 高尿酸血症和痛风病理
三、 高血尿酸与其他疾病
四、 嘌呤代谢与微生物组
五、 痛风炎症与微生物组
六、 小结
参考文献
第五章 肠道微生物组与神经精神健康
第一节 肠道微生物组与肠- 脑轴的相互作用
一、 微生物- 肠- 脑轴的概念
二、 肠道菌群与大脑的发育
三、 微生物- 肠- 脑轴的调节机制
四、 肠道菌群与精神疾?的相关性
五、 肠道微生物组和神经退行性疾病的相关性
第二节 肠道微生物组与阿尔茨海默病
一、 阿尔茨海默病及其发病机制、病理
二、 阿尔茨海默病的诊断工具
三、 阿尔茨海默病与肠道微生物的相关性
四、 肠道微生物对阿尔茨海默病发病的影响机制
五、 通过肠道微生物治疗阿尔茨海默病的可能性
第三节 肠道微生物组与帕金森综合征
一、 帕金森综合征的定义与症状
二、 帕金森综合征的诊断工具、发病机制
三、 肠道微生物菌群和微生物代谢产物在帕金森综合征中的作用
四、 肠道微生物失调影响帕金森综合征发病机理
第四节 肠道微生物与自闭症
一、 自闭症的定义与症状
二、 自闭症的诊断工具、 发病机制
三、 自闭症与肠道微生物的相关性
四、 肠道微生物对自闭症影响的机制
第五节 益生菌与神经精神健康
一、 概述
二、 精神益生菌
三、 益生菌与神经精神健康
四、 精神益生菌在神经退行性疾病中的应用
五、 益生菌在神经发育障碍中的作用
六、 失眠
本章小结
参考文献
第六章 肠道微生物组与过敏性疾病
第一节 肠道微生物组、免疫和过敏性疾病
第二节 肠道微生物组与哮喘
一、 哮喘的流行病学特点
二、 气道黏膜免疫与哮喘
第三节 肠道微生物组与食物过敏
一、 食物过敏的流行病学特点
二、 食物过敏的免疫机制
三、 肠道微生物组和食物过敏
四、 肠道微生物组影响过敏的机制
第四节 肠道微生物组与特应性皮炎
一、 微生物与特应性皮炎
二、 微生物影响特应性皮炎的可能机制
三、 结论
第五节 益生菌与过敏性疾病
一、 益生菌与哮喘
二、 益生菌与食物过敏
三、 益生菌与特应性皮炎
本章小结
参考文献
第七章 肠道微生物组与母婴健康
第一节 微生物与生殖健康
一、 阴道微生物与生殖健康
二、 妊娠期微生物的变化
第二节 婴幼儿肠道菌群的建立与发育
一、 母婴之间的微生物转移
二、 影响婴幼儿肠道微生物定植的因素
三、 婴幼儿肠道核心微生物组
四、 肠道微生物定植与婴幼儿健康
第三节 益生菌和益生元对母婴肠道菌群的干预
一、 妊娠期益生菌的干预
二、 妊娠期益生元的干预
三、 新生儿的益生菌和益生元干预
本章小结
参考文献
第八章 肠道微生物组与肿瘤
第一节 肠道微生物组与肿瘤的作用机制
一、 肿瘤与菌群
二、 酵母益生菌在细胞和分子水平对肿瘤的作用机制
第二节 肠道微生物组与肿瘤治疗
第三节 益生菌与肿瘤治疗
一、 益生菌的预防肿瘤作用
二、 酵母益生菌对肿瘤的有益功效
第四节 粪菌移植与肿瘤治疗
第五节 肿瘤
一、 血液肿瘤
二、 口腔肿瘤
三、 胃肠道肿瘤
四、 肝脏肿瘤
五、 肺转移肿瘤
六、 泌尿生殖系统肿瘤
七、 乳腺肿瘤
本章小结
参考文献
第九章 人体真菌组与健康
第一节 人体健康状况下的真菌群落
一、 消化道
二、 泌尿生殖系统
三、 呼吸道
四、 皮肤
第二节 疾病状态下的真菌菌群
一、 口腔和肠道疾病
二、 代谢性疾病
三、 肺部疾病
四、 皮肤疾病
第三节 真菌组菌群干预前景
本章小结
参考文献
第十章 肠道病毒组与人体健康
第一节 肠道病毒组成和分类
第二节 机体对肠道病毒的免疫反应
第三节 肠道病毒对机体健康的有益影响
第四节 肠道病毒对机体健康的不利影响
本章小结
参考文献
第十一章 肠道微生物组与饮食
第一节 饮食与肠型
一、 肠型分类
二、 肠道菌群对宿主的影响
三、 肠道菌群的昼夜节律
四、 炎性小体
第二节 膳食因素与肠道微生物的相互作用
一、 高脂饮食
二、 高蛋白饮食
三、 碳水化合物
四、 益生元
五、 其他
本章小结
参考文献
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