专项稽查是稽查局按照上级税务机关的统一部署或下达的任务对管辖范围内的特定行业（或特定的纳税人、特定的税务事宜）所进行的专门稽查。
专项稽查和税收专项检查既有共同点也有不同点。共同点在于二者均应按照统一部署，集中人力、物力和财力解决带有普遍性的问题，都具有收效快、反响大的特点。不同点在于专项稽查由稽查局组织和实施，而税收专项检查则由税务局统一安排，稽查局牵头组织，有关部门共同参与实施。从后者的角度讲，也可以将专项稽查看作税收专项检查的组成部分。目前，各地在税收专项检查实践中，积极探索不同的组织方式，如集中检查、交叉检查、下查一级等组织方式，并收到一定效果。
1. 集中检查
集中检查即各级税务机关在税收专项检查中按照总体部署，在要求的时间内，集中力量完成专项检查任务。集中检查主要包括两个方面：一是对税收违法情况严重的行业和区域，税务机关可按照专项检查的总体部署，统一抽调检查人员组成检查组，直接对其开展集中性的检查整治；二是下级税务机关按照上级税务机关的统一部署，在要求的时间内集中力量，组织开展税收专项检查工作。
2. 交叉检查
交叉检查即上级税务机关在税收专项检查中根据各地实际情况，从各省（市、区）抽调检查人员组成若干检查组，组织对不同地区的相互检查。采用交叉检查时，检查组统一使用所在地税务机关的税务稽查文书，以所在地税务机关的名义依法开展税收专项检查工作。所在地税务机关应按照上级税务机关的总体部署，在人力、财力、物力、纳税人资料信息等方面积极配合检查组开展税收专项检查工作。在专项检查终结期间，所在地税务机关应按照上级税务机关和检查组的意见和要求，依法做好税收违法案件的处理和执行工作。专项检查结束后，检查组和所在地税务机关可根据专项检查工作的开展
情况和取得的成效，联合向上级税务机关报送总结报告，也可就各自的工作情况，分别向上级税务机关报送总结报告。
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