卧龙自然保护区以“熊猫之乡”“宝贵的生物基因库”“天然动植物园”享誉中外，有着丰富的动植物资源和矿产资源。被列为国家重点保护的珍稀濒危动物大熊猫、金丝猴、羚牛等共68种，其中属于国家一级重点保护的野生动物共有15种，二级保护动物53种。据统计，区内其他动物种类如脊椎动物有517种，其中兽类136种，鸟类332种，两栖类18种，爬行类19种，鱼类12种。据已采集的植物标本统计，区内植物有近4000种，高等植物2022种。在种子植物中，裸子植物19种（不包含外来植物），被子植物1805种（不包含外来植物）。被列为国家保护的珍贵濒危植物达28种，其中一级保护植物有珙桐，、光叶珙桐、红豆杉、独叶草、玉龙蕨、伯乐树6种，二级保护植物9种，三级保护植物13种。保护区内还有丰富的水能蕴藏量。
1980年，保护区加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网，并与世界野生生物基金会合作建立中国保护大熊猫研究中心。1983年3月经国务院批准，将卧龙保护区内汶川县的卧龙、耿达两个公社划定为汶川县卧龙特别行政区，实行部、省双重领导体制，由省林业厅代管。同年7月，省政府、林业部联合做出了将四川省汶川县卧龙特别行政区改为四川省汶川卧龙特别行政区的决定，与卧龙自然保护区管理局合署办公的综合管理体制。
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