本书主要针对以下问题展开研究：其一是“主体功能区边界难以确定，即主体功能区边界与行政区边界不一致，这一问题短期难以解决”；其二是“我国经济发展和环境资源生态间的矛盾问题短期较难以解决”；其三是“区域发展不协调问题短期难以解决”。建立主体功能区制度的出路是，紧紧围绕“五位一体”特别是经济建设和生态文明建设的协调发展，紧紧围绕区域协调发展，紧紧围绕区域合作。分析政府主导，市场主体，政府+市场，通过产业合作进行高质量发展，避免重复“先污染后治理”，建立长江中下游中东部合作机制。以流域行政区之间产业合作为研究对象，以生态环境保护与经济高质量发展同时并举的流域行政区合作机制为目标，分析流域行政区合作机制的构建。

第一章导论
第一节问题的提出
第二节文献综述
第三节研究框架与创新点
第二章主体功能区规划的优势与困境
第一节我国发展中出现的新问题
第二节主体功能区规划的功能定位
第三节主体功能区规划的困境
第三章主体功能区规划要解决的突出矛盾
第一节粗放型增长方式或经济结构不合理引致的资源环境生态问题
第二节财政分权激励机制引致的资源环境生态问题
第三节产业集聚或空间集聚引致的资源环境生态问题
第四节地方政府竞争引致的资源环境生态问题
第四章主体功能区规划要解决的不协调难题
第一节地区利益矛盾引致的区域不协调
第二节区域协调发展政策的演进
第三节关于区域协调发展理论的争论
第四节协调发展依然是我国发展面临的难题
第五章主体功能区建设的出路
第一节紧紧围绕“五位一体”总体布局的协调发展
第二节紧紧围绕区域协调发展
第三节紧紧围绕区域合作
第六章主体功能区制度建设的复杂适应性
第一节西方国家解决两个不协调问题的经验教训
第二节保护与高质量发展并举的流域行政区合作机制
第三节流域行政区合作机制的构建及仿真
第七章主体功能区制度建设的实践应用
第一节中部地区生态经济发展状况评价
第二节长江流域东中部地区高新技术产业发展合作机制
第三节长江流域东中部地区生态农业发展合作机制
第四节长江流域东中部地区生态旅游业发展合作机制
第五节长江流域东中部地区人才共享机制
第八章主体功能区制度建设的政策支持
第一节东中部地区高新技术产业合作的政策支持
第二节东中部地区生态农业、生态旅游业合作的政策支持
第三节东中部地区人才合作的政策支持
结论
参考文献
后记