《入中论善显密意疏》开篇即有颂日：“龙猛提婆所成宗，三派大车广解释，我以无垢净慧眼，不共要义皆善见。此间欲宣彼宗者，我为除其恶说垢。因众请故以净语，当即广释《入中论》。”龙树空宗修行次第为：先以闻思抉择此派宗义，于修行之真实道获大信解，以菩提心为前导，大悲心成就佛果。《入中论》即阐发此义。宗喀巴大师旁征博引，审慎抉择，纵论此中所阐奥义。以颂文为主，兼及释论，故名之曰疏。
中观应成派谓由甚深、广大二门可达《中观论》旨。由广大故，疏文随颂文顺序，以十波罗蜜配菩萨十地，每地皆说明其地体性、增胜功德、修习方便。
由甚深故，第六地中，以破四生明法无我，以七相推求破人我执。唯识宗的阿赖耶识、自证分，唯心即唯识、离外境识有自性、依他起有自性．自续派的名言中许有自性，皆于此中广破。此中不共宗旨，如小乘亦达法无我义，如何安立二谛，如何安立业果，如何区分俱生、分别两种我执，如何界定烦恼、所知二种障碍，《入中论善显密意疏》皆有广释。每述一义，下分数条，条分缕析，细致入微；印度诸说，藏地异见，先叙彼计，再申己见，后引经论，继以理证，必令水落石出而后已。经有了义，有不了义，此疏随文，阐其密义，故此书可谓入涅榘圣城之津梁，渡般若慧海之慈舟。
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