《人才体制机制改革丛书·深化人才发展体制机制改革：顶层设计》：
三、落实科研院所用人自主权存在的突出问题
尽管自20世纪80年代以来，国家和有关部门已经出台了大量扩大、落实科研院所用人自主权的政策文件，但由于受到现行全国统一的人事管理制度框架、科研院所管理行政化以及文化环境的影响，在落实方面仍存在一些突出问题。具体表现为以下方面。
（一）权责划分不清晰，科研院所用人自主权难以落实
一是权责划分缺乏细化的制度规范。早在20世纪80年代科技体制改革之初，就把全面扩大科研院所自主权作为改革的重要举措，在其后的改革中又不断提及科研单位去行政化、落实科研院所管理自主权，但在实际运行过程中，由于制度惯性以及缺乏细化、可操作性的和制度化的权责划分，落实科研院所管理自主权至今仍然没有到位。例如，在部分建立了理事会的科研院所，理事会职能不明确、不完整，政府仍沿用传统方式对其进行管理。现行科研院所领导人员管理办法难以适应科研院所的特点与发展需求，外籍人才担任科研院所领导职务方面障碍重重。
二是实际操作中政府管理“越位”现象突出。由于缺乏明确细致的权限和责任划分，在实际管理中，政府部门往往将科研院所作为其延伸的职能部门，对科研院所实行行政化管理，在人事管理等方面大量权力没有下放。目前，多数科研院所领导人员和中层干部仍按照行政机关模式管理，科研院所领导人员的选拔权、任命权、考核权等完全由政府部门主导，客观上加强了政府与科研院所的行政隶属关系；政府过多依赖行政手段，对科研院所内设机构设置、职称评审和岗位管理等实行自上而下的行政管理。这不仅极大影响到科研院所自主权的落实，而且主管部门也不能很好地发挥宏观管理职能。
（二）管理行政化，科研院所自主引进和使用人才受到制约
目前，科研院所领导干部的选拔任用基本参照《党政领导干部选拔任用工作条例》的规定，建有理事会的科研院所同样沿用选拔机关干部的方式选拔领导人员。不仅选拔方式、标准不符合科研院所的特点，而且选拔任用的范围也受到极大限制，企业人才、海外人才和具有管理才能但没有行政任职经历的专业技术人才难以进入科研院所领导选任范围。
近年来出台的适用于党政领导干部的管理规定，把科研院所领导人员和中层干部视同机关干部进行管理（比如关于配偶及子女移居国外、收入申报的规定等），难以适应科研院所领导人员和中层干部的实际情况，导致一些从海外回国担任科研院所领导职务和在关键岗位从事研发工作的人员，不得不退出所在岗位，严重影响了科研院所面向全球招聘人才的工作，制约了科研院所国际竞争力的提升。
由于内部管理“机关化”色彩浓厚，领导人员和中层干部管理方式与机关雷同，过多挤占了优秀人才的科研时间，造成急需的高层次人才选择去高校而不愿到科研院所工作。同时，主管部门对岗位、职称评审管理过严、过死，导致科研院所引人周期长、无法给予合理的待遇，出现需要引进的人引不来的现象，严重影响了科研院所引进和使用领军人才与核心研发人才。
（三）政府对岗位设置管理过细，科研院所按需用人的自主空间不足
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