康熙亲政后，鳌拜应该收敛一下自己的嚣张气势，但他一向自恃功高，加上首辅索尼已经去世，无人能控制他，他根本不把14岁的皇帝放在眼中，妄图攫取启奏权和批理奏疏权，成为真正的宰相。
这个时候，经过换地之争，苏克萨哈的势力被大大削弱。康熙亲政后，苏克萨哈深知自己无力与鳌拜抗争，但他又不愿向鳌拜妥协，于是便想退出权力中心。就在康熙亲政的第六天，他以身有重病为由，上书要求去守先帝的陵寝。
苏克萨哈此举有两个目的：一是表明由于鳌拜的专横，自己不得不隐退；二是试图以隐退的举动迫使鳌拜、遏必隆也一并辞职交权。然而，苏克萨哈在这个时候想退出显然是不明智的，因为康熙刚刚亲政，羽翼未丰，所以康熙对苏克萨哈的做法完全无法理解，同时朝野上下也是一片责备之声，形势因此变得更加糟糕。
早就想对苏克萨哈下手的鳌拜从中找到了一个大好机会，他抓住苏克萨哈在要求去盛京守先帝陵寝的上疏中有“如线余生得以生全”之语，大做文章，乘机发难：我们受先帝遗诏，辅政7年，现在皇帝正要我们出力，苏克萨哈却奏请守陵，以度余生，不知有何逼迫之处？在这里又有何无法生存的问题？
七月十七日，鳌拜操纵议政王大臣会议，给苏克萨哈编造了“不欲归政”等24条大罪，且议定之后向康熙奏报，称苏克萨哈“存蓄异心，论如大逆，应与其长子内大臣查克旦皆磔死；其余子孙，无论年纪大小，一律斩决籍没；另有苏克萨哈的亲信白尔黑图等三人也拟革职，斩立决”。
康熙年纪虽小，但对时势却看得非常清楚，他知道鳌拜与苏克萨哈积怨日久，鳌拜给苏克萨哈所列罪状，无一不是借机罗织罪名，欲置苏克萨哈于死地。所以，康熙以“核议未定”为由，没有批准议政王会议的奏请。
鳌拜急于将这一眼中钉拔除，于是连日上奏，不断向康熙施加压力。他在皇宫院子里肆无忌惮地挥臂喊叫，迫使年轻的皇帝同意他的请求。后康熙只得屈服，牺牲苏克萨哈，只是把对苏克萨哈分尸的酷刑改为绞刑，其他均按议政王会议的原议行刑。苏克萨哈的4个儿子、12个孙子均惨遭杀戮，家中妇女、幼儿被贬为奴。
苏克萨哈的死，表明清朝统治阶级上层存在着一股与皇权相抗争的势力在极力控制刚刚亲政的康熙，迫使这位年轻的帝王下大的决心将其剪除；同时也表明满族贵族内部的分裂日益表面化，四大辅臣内部的矛盾日益尖锐。至此，由顺治和孝庄精心筹划的辅臣政治，终于因其自身无法调和的矛盾而瓦解。
铲除苏克萨哈后，鳌拜愈发嚣张，开始肆无忌惮地网罗亲信、广植党羽，并把自己的儿子和亲信安插在内大臣、大学士、六部尚书等重要位置上，在朝中纠集成一股欺藐皇帝、操纵六部的势力。
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