第一篇介绍了光学显微镜物体成像的两大要素——光和透镜的基本知识，主要介绍了光的本质、光传播的基本特点，透镜的种类、性能、性质及其成像规律，晶体及光在其中的传播特性，此篇内容为理解第二篇中的几种光学显微镜成像原理奠定了基础。
第二篇介绍了几种常见光学显微镜的用途、成像原理、附件组成、使用方法，包括普通光学显微镜、相差显微镜、微分干涉显微镜、暗视野显微镜、荧光显微镜。此外，在普通光学显微镜部分增加了聚光器的正确使用方法和双目镜的调试方法。荧光显微镜部分增加了荧光物质的发光特点和染色条件及其使用范围。
第三篇介绍了从光学显微镜的分辨率极限到电镜分辨率进一步提升的基本知识，电镜电磁透镜的特性及电子显微镜的类型；之后着重介绍了两种基本类型的电子显微镜——透射电镜和扫描电镜的结构、成像原理、主要发展类型及应用；最后介绍了其在水生生物领域电镜研究的主要技术方法，包括透射电镜的超薄切片技术、负染色技术和冷冻电镜三维重构技术以及扫描电镜的生物样品制备技术。
第四篇主要介绍了荧光显微镜在水产养殖相关学科研究的一些实验技术．包括藻类细胞核的荧光观察、吖啶橙区分活细胞中的DNA和RNA的荧光组织化学方法、鱼类染色体的荧光观察、刺参体细胞滴片的间接免疫荧光及细菌的间接免疫荧光观察、水中细菌荧光记数方法。
第五篇介绍了水生生物领域的电镜实验技术。着重介绍了透射电镜和扫描电镜水生生物常规及特殊样品的制备技术。简要介绍了水生生物常见超微结构的观察和透射电镜观察方法。
张东升主编的《光镜与电镜技术及其在水生生物上的应用》为广大使用光学显微镜和电子显微镜的科研、教学、生产人员及学生等提供了更具系统性的使用技术参考书。
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