一九三七年七月，抗日战争全面爆发，大片国土沦丧，数以十万计的青少年学生离开家乡，跟随学校、师长向西南、西北撤退。由于校方经费拮据，师生衣食无着，情况十分危急。为了解决这一难题，国民政府采取紧急措施，从一九三七年十二月开始，教育部着手筹建专为接收沦陷区、战区流亡学生的国立中学。抗战初期，国立中学以省冠名，如国立山东中学、国立甘肃中学等。从一九三九年四月起，教育部决定国立中学不再以省、市来命名，而改按成立时间的先后顺序，以数字排序命名，共成立了二十二所国立中学。此后，又陆续成立了国立华侨中学、国立中山中学和国立女子中学，以及国立大学的附属中学等，国立社会教育学院附属中学即是其中之一。
“一九四二年九月奉部令创办于四川青木关，成立定名为国立社会教育学院附属中学，设初中部共三个班。一九四三年增设师范部，一九四五年七月增设高中部。一九四六年八月奉令迁京，因校舍狭小暂分京、丹二处。京校设初中一年级甲、乙两班，二、三年级各一班，高中一、二、三年级各一班。丹校设初中一、二年级各两班，三年级三班，高中一年级三班，二年级两班，三年级一班。以上共二十班，均为普通科。师范部另迁常熟。”由此形成了一校三址办学的局面。
抗战胜利后，根据全国教育善后会议决定，中等教育仍由地方办理。自一九四七年开始，国立社会教育学院附属中学南京校区与其他学校合并成立南京市立第六中学，国立社会教育学院附属中学丹阳分校改名为江苏省立丹阳中学（即现在的江苏省丹阳高级中学），国立社会教育学院附属中学师范部搬迁到苏州，与其他学校合并成立江苏省立苏州师范学校。
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