《本草崇原》是一部注释《神农本草经》的药学专著。作者张志聪在书中创立了五运六气之原、明阴阳消长之理的药气理论，阐明药性，解释详备，尤其重视格物用药原则。因此，运气的观点是《本草崇原》的最大特点，也是张氏作此书的最大成就。当之无愧为《本经》以来第一位窥其门径、登堂入室者。五运六气、阴阳消长为基础的药气理沦是张氏所倡导的，而气化、阴阳正是药物形色气味的总括，是治病用药的关键，是《本经》核心，也是《本草经典论著十人书》所着重体现和阐释的。本书在注释方面因理论上拘守于五行学说，因此在个别地方难免有附会之处，是其不足。书中大字注文中的“愚按”，当出之张氏之手，而小字注文中的“按”则似为高世栻之笔。在《本草崇原》古本的基础上，这个版本增加了英译，是英汉对照本，便于中医药研究学者，特别是海外中医药研究学者查阅参考。

卷上 本经上品
1．人参
2．甘草
3．黄芪
4．白术
5．苍术 附
6．薯蓣
7．石斛
8．酸枣仁
9．大枣
10．芡实
11．莲实
12．莲花 附
13．莲蕊须 附
14．莲房 附
15．莲薏 附
16．荷叶 附
17．荷鼻 附
18．薏苡仁
19．大麻仁
20．巨胜子
21．赤箭
22．干地黄
23．麦门冬
24．天门冬
25．葳蕤
26．牛膝
27．杜仲
28．枸杞
29．枸杞苗 附
30．地骨皮 附
31．枸杞子 附
32．女贞实
33．五加皮
34．肉苁蓉
35．巴戟天
36．五味子
37．蛇床子
38．覆盆子
39．菟丝子
40．沙参
41．泽泻
42．菖蒲
43．远志
44．细辛
45．柴胡
46．升麻
47．桂
48．羌活
49．防风
……
卷中 本经中品
卷下 本经下品