秦王赢政二十五年，即公元前222年，设余杭、钱唐两县。“余杭”两字当为古越音，其义不可考。明清时的志书解释大多与传说中的大禹有关，“禹杭者，夏禹东去，舍舟航登陆一，因以为名”（清嘉庆《余杭县志》卷二《建置》）。余杭的历史可上溯至远古马家浜文化时期，那时境内就有人类活动。而稍后的良渚文化时期已进入成熟文明和早期国家阶段，成为实证中华五千多年文明史的圣地。
余杭襟带山川，地势平彻，当苕水之冲横，则野不可耕，邑不可居，横流大肆，为旁郡害，所以余杭历来以治水为重。东汉熹平年间（172—178年），余杭县令陈浑于东苕溪南岸筑塘，设陡门、塘堤、堰坝数十处，并于溪南浚南上、下湖，筑高塘汇水。唐宝历中（825—827年），县令归珧在旧址重浚。吴越时，钱锣复置乌龙笕，承金秋堰之水南灌安乐，直至钱塘。宋淳熙六年（1179年），钱塘县分段筑塘，间以陡门，名为“十塘五闸”。元至正十三年（1353年），余杭尹常野先增筑南湖塘，又筑县西官塘十八里。明永乐二年（1404年），户部尚书夏元吉、大理少卿袁复增筑南湖塘，使之阔厚，并创筑庙湾、瓦窑塘。正德十三年（1518年）十二月，提督苏杭水利河道工部郎中朱衮修筑南湖。嘉靖十八年（1539年），钱塘知县陈惟又砌石筑滚坝，让洪水先经滚坝，缓和水势，以免洪水冲决五亩塍，亦可灌溉余杭闲林及钱塘钦贤等乡田地。在对苕溪长期治理中形成的爰从民志、以人为本的理念，表现出的持之以恒、开拓进取的精神，成为余杭内涵丰富的水文化的核心。
据史籍记载，秦置郡县，余杭始置，是中国历史上最早的建制县之一。南宋时为京畿之地，是全国经济社会最发达的地区之一。明代出现雇人缫丝织绸的工场，开启了商品资本支配生产的先声。民国建元，国外先进科技渐次引进，然因战争频仍，发展缓慢。1949年5月2日，余杭解放。从此，余杭的历史翻开了新的一页。
曾经沧海难为水
数亿年前，今余杭还处于深水区，有着特殊的地理环境。
2005年7月，浙江地质调查院专家俞国华在余杭镇安乐山进行地质调查时，不经意间在安乐塔下一座亭子旁边的石壁上发现了直径仅几毫米的贝壳化石，要用放大镜才能看清楚。此后，他又多次前来进行地质调查，采集相关信息，并把贝壳化石提供给中国科学院南京地质研究院进行鉴定。经中国科学院南京地质古生物研究所的戎嘉余教授和詹仁斌教授鉴定，该化石属志留纪早期化石，全球罕见。随后，经中国科学院南京地质古生物研究所和浙江省地质调查院联合实地探查．又在安乐塔东侧山坡的小树林中发现了腕足、三叶虫等古生物化石群。通过仔细研究，证实这些动物化石处于奥陶纪与志留纪时期之间，迄今约4亿年，是目前世界上唯一发现的奥陶纪末期深海动物证据。一直以来，国际古生物学界普遍认为，奥陶纪末期那场环境大灾难，使80％以上的古生物物种灭绝。然而幸存的物种是怎样躲过这场灾难的，一直缺乏实物证据。这次发现颇显意外。由于古杭州处于北半球的深水区，而原始动物只能在浅水中生存，因此杭州从来没有发现古生物化石。据专家推测，在面临环境异常变化时，有些动物会采取手段自救，对自身体型进行改造以适应深水环境，迁移到深水处，躲过了那场大灾难，从而使杭州地区成为奥陶纪末期生物大灭绝时一些生物幸存的一个场所。
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