《一般细菌常用鉴定方法》《常见细菌系统鉴定手册》由科学出版社分别于1978年、2001年出版，由于其实用性，已成为细菌研究工作者重要的参考书。而《常见细菌与古菌系统分类鉴定手册》是这两本著作的更新和延续。近年来，细菌系统学和鉴定方法领域发展迅速，大量新的分类单元被发现、描述、命名，研究人员基于16S rRNA基因序列提出了新的细菌分类系统。《常见细菌系统鉴定手册》中所列内容已不敷使用，中国科学院微生物研究所东秀珠研究员便组织细菌和古菌分类研究领域的专家编撰《常见细菌与古菌系统分类鉴定手册》，以期将细菌和古菌分类的最新进展介绍给细菌和古菌研究领域的科研人员，并为细菌和古菌的教学、科研及应用开发提供实用性指导。