引用纬书不等于迷信纬书，《索隐》与《正义》都有引用纬书而不赞成其说的例子，这里举一条《索隐》的例子。《高祖本纪》讲高祖“母日刘媪”，《索隐》：“韦昭云：‘媪，妇人长老之称。’皇甫谧云：‘媪盖姓王氏。’又据《春秋握成图》以为执嘉妻含始，游洛池，生刘季。《诗含神雾》亦云。姓字皆非正史所出，盖无所取。”这里司马贞虽引用了纬书的讲法，但认为其不足取。从《索隐》与《天官书》大量引用纬书，而其它篇则引用很少的情况看，司马贞对纬书的材料性质，应该说是了解的，所以他并不盲目地相信纬书的说法。
那么，他为什么要将纬书中具有特定寓意的对古帝王世系的理解，直接拿来充当《三皇本纪》的内容呢？笔者以为，这与唐玄宗时期为三皇以前帝王立庙之事有关。为古代帝王立庙本是古代的常事，但为三皇以前帝王立庙，仅此一见。据《旧唐书·玄宗本纪》记载，此事发生在天宝七年，玄宗下诏为三皇以前帝王在京城置庙，以时致祭。据《文献通考·宗庙考》所载是诏，古帝包括天皇氏、地皇氏、人皇氏、有巢氏、燧人氏。这些古帝共居一庙，与三皇五帝庙相近，而三皇五帝是指《世经》所讲的从伏羲到帝舜的八位古帝。这里的天皇、地皇、人皇，不可能是《帝王世纪》所讲的耀魄宝、天一、太一，因为诏文讲得很清楚，是古帝王。因此他们应该就是纬书所指的开辟之初的天皇、地皇与人皇。当然，他们也不会像前文讨论的是指三十二位古帝，当是各立一神像，代表开辟之初的三皇时代。
这个行为，实际上意味着唐朝政府承认了纬书对于古帝世系的理解，承认了这些古皇的真实性。司马贞，新、旧《唐书》无传，据《新唐书·艺文志》、《史记索隐》条注，知他是开元年问的进士，祭三皇以前古帝这件事他一定知道。而据《旧唐书》刘子元（知畿）传记载，司马贞曾希上意，反驳刘知畿的学术主张，可见他是一个为迎合上意甘于牺牲学术的人。尽管他本人对于纬书并不迷信，但朝廷对纬书说法的认可，一定会对他产生影响。所以，在《三皇本纪》中，他一方面接受皇甫谧等的观点，以伏羲、女娲、神农为三皇；另一方面则引一说，以天皇、地皇、人皇为三皇，完全接受纬书的观点。他的这种做法，实际是在与朝廷为三皇以前帝王立庙的行为相呼应。
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