不过，对于顾先生，我们也没有必要曲护其短。我们应看到，疑古派在使古书成为理性思考的对象的同时，也因师心自用，造成许多流弊。它主要表现在以下几个方面。
（一）疑古派对古史形成的复杂过程理解过于简单，以为其传述既出于年代较晚的古书，则必属后人造作，只能算是“伪古史、真神话”。从而把原有的古史系统一笔勾销，完全让位给考古学，形成“考古自考古，神话自神话”的局面。这不仅曲解了古史的性质，而且从长远的观点看，对考古学也有不利影响（详后文）。
（二）把先秦古书的年代普遍拉后，往往把它们说成是刘歆伪造或更晚的伪造。这不仅对古书的形成过程是一种曲解，而且对古书的流传和整理也是一种曲解，在目录学史和秦汉学术史的研究上也造成了一定的混乱。
（三）沿袭了经今文派对经古文派的偏见，曾把《左传》、《周礼》等古文经本一概斥为伪作，这对信史的研究造成极大妨碍。《左传》对春秋史实和制度记载最为详尽，而《周礼》则是现存唯一系统讲古代典章制度的书。如果我们把这两部书否定掉，那么不仅现在的东周史会出现很大空白，而且更重要的是，我们还失去了向上做进一步追溯的起点。因为没有晚期“制度史”的知识作“模拟系统”和“参照物”，我们将不可能使支撑商代、西周史的考古资料“开口讲话”，也不可能把当时的古文字材料串连成一种有框架可以范围的史料。
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