马克在很小的时候就掌握了计算机编程的诀窍。上中学前，他便已经开始使用计算机并编写软件了。爱德华是最早使用数字射线照相术的牙医之一，所以家里和办公室放着好几台计算机。爱德华教会马克如何使用阿塔尔BASIc编程语言，这是一种用于阿塔尔游戏系统的编程语言，用户可以用它来创建自己的BAsIc计算机程序。之后，马克便开始学习更加复杂的编程语言。
不久，爱德华聘用了软件开发师大卫·纽曼来教导11岁的马克进行计算机编程。纽曼说马克是个计算机天才，实际上，因为马克学得很快，纽曼已经很难教导他了。
马克不到13岁的时候就为家里创建了一个基础计算机网络，他将它叫作扎克网。马克之所以设计这个网络，是因为他父亲对他说希望自己的牙医办公室有一个更好的接待客户方式，可以通过电脑自动通知他有病人来访，而不是通过大声的叫喊来告诉他。扎克网可以让家里和父亲办公室里的电脑通过发出“ping”的声音来相互传递信息。“ping”是一个基础网络程序，用户可以利用它来确认某个特定的网址是否存在并接受请求。有信息到来时，计算机便会发出“ping”的声音。
有病人到来时，接待员便会通过电脑给扎克伯格医生发出“ping”的声音；在家里，孩子们则给彼此发出“ping”的声音。马克的姐姐兰迪解释了扎克网对马克的重要性，她说：“这是他第一次开始创建东西，之后他就停不下来了。”马克的这个设计就是美国在线即时通讯软件的原型，这个软件在第二年就推出了。今后脸谱也会有即时通讯的功能。
马克还设计了计算机游戏。他在接受纽约杂志的采访时对乔斯．安东尼奥·瓦格斯说：“我有很多艺术家朋友，他们会来我家，然后画一些东西，我就用这些东西设计出一个游戏。”他开发了一款计算机版的《地产大亨》游戏，背景是他的中学。此外，他还开发了一个新版的《冒险》游戏，背景是罗马帝国。
不久，爱德华就为马克报了附近一所学院的研究生计算机课程。瓦格斯回忆道：典文学，高三的时候转学到新罕布什尔州的菲利普艾克赛特学院。在新学校，他不仅学习了古典文学，还获得了数学、天文学和物理学等方面的奖项，并且当上了击剑队队长。
为了完成菲利普艾克赛特学院的毕业设计，马克和另外一个学生编写了一个名叫synapse的音乐程序。该程序应用人工智能对用户听音乐的习惯进行分析，然后根据分析所得出的信息向用户推荐其他同类音乐。这个程序被放到网上之后得到了众多好评，连美国在线公司和微软公司都开出大约100万美元的价格想要收购这款软件。他们还想雇用马克来开发这款软件，但他当时正面临退学，所以拒绝了。
马克辍学后并没有去工作，而是打算到位于马萨诸塞州剑桥的哈佛大学继续深造。他学习的课程是心理学和计算机科学，当时，他就已经是个小有名气的计算机编程天才了。马克来到其在哈佛的宿舍时并不知道哈佛不仅将改变他的人生，还将改变全世界上百万人的生活方式。
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