《吴鞠通医案》系对清代著名医家吴瑭（鞠通）的手稿进行分类编次而成，清代民间仅有何氏医案的抄本流传，近代有吉生所刊行《吴医通先生医案》，亦即本书的底本。书分四卷，卷一载温病、伤寒之案，卷二、卷三内科杂病之案，卷四载妇科及科病之案。诸案详略得当，脉、证、法、方、药俱全，多有吴鞠通病用药的心得体会，是裨补临床之书。

吴氏医案序
卷一
暑温
伏暑
湿温
中燥
疟
冬温
伤寒
卷二
中风
瘛疭
肝风
肝厥
胁痛
肝痈
癫狂
虚劳
吐血
衄血
便血
肿胀
单腹胀
腹胀
滞下
积聚
淋浊大小便闭
泄泻
卷三
头痛
胃痛
脾胃
噎食
呕吐
反胃
哕
咳嗽
肺痈
失音
水气
寒湿
痹
痰饮
卷四
疝瘕
胎前
产后
阴吹
交肠
调经
带下
脏躁
痘症庚申十月起
痉太阳所至为痉
瘛疭
食积
飧泄
咳嗽
暑温
伏暑