《医学三字经》共四卷，卷一、卷二仿效《三字经》的体裁以三字一句的韵语概述医学源流、中医基础理论和临床各科常见病；卷三、卷四详论《医学三字经》中所列各种病症的方药，并在书末简明扼要地论述了阴阳、藏府、四诊等中医基础知识。《医学三字经》是清代医家陈念祖毕生临床经验的高度总结，所列病证从病因病机、辨证治则到有效方药，完备而实用。以三言韵语的体裁介绍了医学源流及各种常见病的病因病机、辨证治则、有效方药，言简意赅，朗朗上口，完备而实用，是初学中医的良好入门读本。《医学三字经》析源探流，将深奥的中医基础理论集约于不多的篇幅之中，而又以时俗浅近之语道出，为初学者掌握中医基础理论、中医诊断学知识铺路搭桥。其所载病证和治方使后学者于临证时有理可据，有法可依，有方可用。

头项病 太阳编
三阳俱主表，而太阳为表中之表也。论以头痛、项强、发热、恶寒骂有汗宜桂枝汤，无汗宜麻黄汤。
胃家实 阳明编
阳明焉表中之里，主裹实症，宜三承气汤。论以胃家实为提纲。又目痛、不眠为经病。若恶寒、头痛，为未离太阳。审其有汗、无汗，用麻黄法。无头痛、恶寒，但见壮热、自汗、口渴，为已离太阳，宜白仲景提纲不以此者，凡解表诸法求之太阳，攻里诸法求之阳明，立法之严也。
眩苦呕 少阳编
少阳居太阳阳明之界，谓之阳枢，寒热相杂。若寒热往来于外，胁满烦，宜大小柴胡汤。若寒热互搏于中，呕吐腹痛，宜黄连汤。痞满宜半夏泻心汤。拒格食不入，宜干姜黄连人参汤。若邪全人于胆府，于脾为自利，宜黄芩汤。上逆于胃，利又兼呕，宜黄芩加半夏生姜一以口苦、咽干、目眩为提纲。
吐利痛 太阴编
太阴湿土，为纯阴之藏，从寒化者多，从热化者少，此经主寒症而言，宜理中汤、四逆汤为主，第原本为王叔和所乱耳。论以腹中满、吐食、自利不渴、手足自温、腹时痛骂提纲。
但欲寐 少阴编
少阴居太阴厥阴之界，谓之阴枢，有寒有热。论以脉微细、但欲寐为提纲。寒用麻黄附子细辛汤、麻黄附子甘草汤及白通汤、通脉四逆汤。                                                            

目录

医学三字经小引
医学三字经凡例
医学三字经卷一
医学源流第一
中风第二
虚痨第三
咳嗽第四
疟疾第五
痢症第六
心腹痛胸痹第七
隔食反胃第八
气喘第九
血症第十
水肿第十一
医学三字经卷二
胀满蛊胀第十二
暑症第十三
泄泻第十四
眩晕第十五
呕喊吐第十六
癫狂痫第十七
五淋癃闭赤白浊遗精第十八
疝气第十九
痰饮第二十
消渴第二十一
伤寒温疫第二十二
妇人经产杂病第二十三
小儿第二十四
附 敷药拔风害人说
医学三字经卷三
中风方
附录中风俗方杀人以示戒
咳嗽诸方
疟疾方
痢症方
心腹痛胸痹方
隔食反胃方
气喘方
血症方
水肿方
风水
皮水
正水
石水
黄汗
胀满蛊胀方
暑症方
泄泻方
医学三字经卷四
眩晕方
呕喊吐方
癫狂痫方
五淋癃闭赤白浊遗精方
疝气方
消渴方
痰饮方
伤寒方
太阳
阳明
少阳
太阴
瘟疫方
妇人科方
小儿科方
医学三字经附录
阴阳
识一字便可为医说
藏府
十二官
心说
肝说
脾说
肺说
肾说
胃说
胆说
大肠小肠说
三焦说
手心主说
膀胱说
命门说
经络
经络歌诀
四诊
望色
闻声
问症
切脉
运气
张飞畴运气不足凭说