我是高中生侦探工藤新一，在与青梅竹马的同级生毛利兰去游乐场玩时，我目击了黑社会男子正在进行可疑的交易。因为我看的太入神，竟没有注意到后面有一个人靠近我。他给我为了毒药，当我醒来时……身体已经缩小了！如果被他们知道工藤新一还活着，我不仅会引来杀身之祸，甚至还会牵连身边的人受害。我得到了阿笠博士的援助，隐藏了真相，当小兰问起我的名字，我灵机一动改名为江户川柯南。为了获得他们的情报，我屈就于小兰父亲的侦探社。

FILE.1 现代的福尔摩斯
FILE.2 变成小孩子的名侦探
FILE.3 失去声援的名侦探
FILE.4 第6根烟囱
FILE.5 另一个歹徒
FILE.6 迷糊侦探变成名侦探
FILE.7 沾血的青春偶像
FILE.8 和你相像的人
FILE.9 不幸的误会