小小名侦探江户川柯南，真实身分其实就是高中生名侦探·工藤新一，由于遭谜样组织强灌毒药，致使身体缩小成儿时模样，柯南的爸爸是世界级的推理小说家，目前和妈妈都在国外，所以他隐藏身份，寄住在女朋友小兰家所开设的毛利侦探事务所。某日，一位自称是新一恋人的少女量子出现在事务所。所量子的庆当真的小兰，气呼呼地带着柯南闯进量子所住的公寓去寻找新一！另一方面，名足球选手赤木英雄被协迫要刻意输掉比赛，以换取被绑架的弟弟。柯南看穿整个阴谋，犯人的住处！

第一章 水落石出
第二章 黑夜的怪男爵
第三章 可怕的病毒
第四章 面具之下
第五章 小兰的眼泪
第六章 风的恶作剧
第七章 落下地点的秘密
第八章 新婚的悲剧
第九章 禁果般的柠檬菜
第十章 杀人的理由