高中生名侦探工藤新一被[黑色组织]灌下一种不知名的毒药后，身体缩小成儿时模样，为隐藏身份，他化名为江户川柯南。服部平次和柯南一同前往疑似组织的同伙--帝丹高中英文老师茱蒂家里调查时，却遇上了一桩密室杀人事件。
虽然茱蒂帮助他们解决了这起事件，但他们还是对茱蒂心存怀疑。
某日，柯南、小兰和小五郎一起到横滨中华街用餐，同桌的一个男子突然中毒身亡，小五郎也受到怀疑，但柯南最后还是顺利地解决了案件。不过，小兰却突然昏倒了。
小兰在意识模糊、昏迷中，回想起以前自己和新一、还有他妈妈有希子一起到纽约时遇上的一件令人生厌的事件……
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