海底小纵队是一群活跃在海底的小小冒险家，有着各自的爱好与特长，在团队核心巴克队长的带领下，他们向着未知的海域不断探索前进。他们居住在神秘基地章鱼堡中，随时准备出发去解决海底的突发事件，排除可能发生的危险。这天，他们安排好了各自的行程：巴克队长、皮医生和章教授驾驶章鱼堡，前往帽带企鹅居住的岛屿；呱唧和突突兔前往章鱼堡维修站；谢灵通和达西西出发寻找角岛鲸；而小萝卜则带领着植物鱼们收集海藻。原本他们以为这会是平静的一天，没想到海底接二连三地出现异常……