本书辑录著名历史学者秦晖关于明清交替之际的一组研究文章，以纵向的时间轴论，集中于明末清初；以横向的领域而言，主要从“农民战争与土地制度史”的角度出发，考察几支政治力量的战时策略以及它们之间的角逐。
全书分为四辑。
第一辑“从‘联明抗清’到‘南明史’”，从细致入微的考证与逻辑严谨的思辨入手，分析了南明、农民军、清廷三家政权之间的鼎立态势、纠缠关系，及此消彼长的形势变化，也分析了包括缙绅阶层在内的各种社会力量之间的互动。
第二辑“西南‘国主’政权”，主要着眼于顺治四年占领云南的大西农民军的活动与制度，分析其经济与政治实践的特点与局限。
第三辑“李自成及其余部”，驳斥了李自成禅隐石门夹山的传说，辨析了李自成余部所谓“后明韩主”及“定武政权”的子虚乌有。同时以精彩的考证分析，指出被误认为李自成的“奉天玉和尚”很有可能是明清之际川东的一个军阀——李占春。
第四辑探讨了李自成的归宿，追溯了一个被虚构的李自成谋士如何从小说进入史料的过程，评价了崇祯帝的作为，分析了明代中叶的“倭寇”问题。
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