全书从司马懿的崛起写到东晋的灭亡。
东汉末年，群雄争霸，司马氏父子坚忍深谋，接力经营，最终以晋代魏，降蜀灭吴，一统神州。然而干戈方熄，内乱又起。昏君即位，贾后当政，八王同室操戈，晋室一片混乱。刘汉乘势而起，揭开五胡乱华大幕。司马氏难以立足北方，仓皇南渡，与北方诸胡划江而治，开启了中国史上最为眼花瞭乱的时代：北方诸胡以大地为砧板，以众生为鱼肉，铁骑纵横，高呼酣斗，山河之间，血流成河，尸积如山……东晋君臣，虽不忘丧国之痛，但依然争权夺利，你死我活。门阀大族各不相让。或把持朝政，为所欲为；或拥兵自重，霸居一方，致使司马氏一朝始终积弱，多次为权臣所乘，数次起死回生。摇摇欲坠多年之后，最终奇迹不再——刘裕大权独揽之后，断然夺过传国玉玺，宣告大晋王朝退出历史舞台。
昊天牧云著的《晋朝那些事儿(3疯狂时代卷)》主要讲述司马氏南渡，东晋建立之后，内部矛盾，不可调和，导致王敦造反，武力进入建康。东晋孝武帝病死，司马绍继位，终于平息王敦之乱。其间杂述北方局势：刘汉纷乱，江河日下；鲜卑崛起于辽东；刘琨孤守北方，穷困而亡；石勒反汉，称雄江北；祖逖北伐，力挫石勒，但壮志未酬身先死……
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