眼见天下大乱,平清盛再也坐不住了,正好此时,福原的公卿大臣都怨言纷纷,要求回都平安京,甚至连高仓上皇都在抱怨海风很大,经常生病。治承四年十二月二日,平清盛下令迁都回平安京,那些公卿们一听这个消息,如闻大赦,纷纷提上行李逃回了京都,京都早已荒废,许多公卿在京都周围的寺院神社里暂时寄居。
平清盛并不是那种听几句抱怨就会改变主意的人,他回到京都来的真正目的是要就近坐镇指挥对近江和美浓源氏战争,重新打通京都通向北陆的交通线。十二月二十三日,平清盛任命平知盛、平忠度二人为将,出兵讨伐近江的山木义经。
平知盛果然没有辜负厚望,他不费吹灰之力就平定了山木义经兄弟,将近江平定以后,第二年正月,平家军攻人了美浓,将美浓源氏的首领土岐光长枭首。近畿一带重新安定下来。
收拾了那些“乱党”以后,平清盛就把矛头对准了他另一个心腹大患。当初以仁王举兵的时候,奈良的三井寺、兴福寺曾经大力支持,三井寺和平家的关系素来很差,平清盛命令其子平重衡率军先攻三井寺,火烧寺院。至于兴福寺,素来有“南都”之称,势力庞大,平清盛希望采取和平的方式解决,他任命濑尾兼康率领五百人前往兴福寺去试探情况,特别嘱咐不许动武,没想到寺里的和尚却不领情,抓了其中六十几个人削了脑袋,挂在猿泽池旁边。这件事激怒了平清盛,治承四年十二月二十五日,他下令平重衡为大将,平通盛为副将,率军四万,杀气腾腾地直奔兴福寺而来,寺院方面早有准备,他们集中了七千多人,在奈良坂和般若寺两处挖下壕沟,建起楣垣,放置鹿角,顽强抵抗平家大军的冲击。平家军大多为骑兵,而南都的僧兵大多步战,双方在奈良佛门清净之地展开了血腥的厮杀,平家军人多势众,很快占据了上风,南都僧兵尸横遍野,但仍然死战不退。
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