朱元璋最早的水师，并不是起源于农民军中，而是起源于一股水贼。至正十五年（1355年）五月，朱元璋为解决粮草问题，准备向南进一步拓展自己的势力范围，但渡江所用舟楫并无着落。正在这时，巢湖水寨的首领赵普胜、俞通海因与庐州左君弼有矛盾，恐为其所袭，遂率领一支“拥众万余，船万艘”①的水贼前来投奔，并愿意为朱元璋水军的先导。赵普胜、俞通海的归顺，不仅为朱元璋带来了用于渡江的船只，更重要的是还带来了惯于水战的大量水手，这些水手成了后来朱元璋建立水师的基础。
五月末，朱元璋军大败元军水师于浯溪口。在此之后，朱元璋军渡过长江，攻取采石（今安徽当涂西北）。沿江的城池全部望风而降。在攻取采石之前，发生了一个小插曲，诸将以和阳物资匮乏为由，建议朱元璋先夺取采石附近的辎重，并撤军返回和阳。见将领们战意薄弱，皆欲撤兵，朱元璋对将领们说：“如此，则再举必难，江东非我有，大事去矣。”随即令人斩断缆绳，任船只顺流而下。诸将大惊，询问为何，朱元璋说：“成大事不规小利，此去太平（今安徽当涂）甚近，舍此不取，将奚为？”听朱元璋如是说，加上后路已被截断，诸将随即表示服从朱元璋的命令，愿意随其自官渡而下直取太平。
至正十六年（1356年）二月，朱元璋率军进攻驻屯在采石的蛮子海牙部。当时蛮子海牙正率水师于江上，兵锋甚锐，朱元璋派常遇春率轻舸直冲元军阵型中间，将其分为两部，以另两军为左右两翼夹击元军战船，又在左右翼的战船上架设许多抛石机，发射飞石击碎元军的战船，俘获万余人，蛮子海牙率余部逃往集庆。此一举彻底打破了元军在长江水路的防御，朱元璋的水师可以在长江畅行无阻。
三月，朱元璋乘胜亲率水陆大军进攻集庆。在城破之后，元军水寨元帅康茂才率部投降，朱元璋水军力量得到进一步发展。朱元璋改集庆为应天府。此后，以应天府为根据地，朱元璋开始向江南发展，逐步占领了应天周边的一些地区，又攻取了浙江的一些州县。经过四五年的努力，巩固了占领区，此后便开始统一江南的作战。这时，江南的形势发生了重大变化，徐寿辉领导的天完军内部发生分裂，军队的领导权为陈友谅所夺，向东侵占安庆、池州、南昌等地，势力大增，并与朱元璋接境，成为朱元璋的主要威胁。
至正二十年（1360年）闰五月一日，陈友谅率舟师十万攻占太平，朱元璋守将花荣战死，采石被夺。陈友谅进驻采石后，杀死农民军领袖徐寿辉，即皇帝位，国号“汉”，改年号为“大义”。这时，陈友谅兵力雄厚，舟师数倍于朱军，并拥船千艘，其中有“混江龙”“塞断江”“撞倒山”“江海鳌”等巨舰百余艘，战舸数百艘。陈友谅大军压境，朱元璋令与陈友谅有旧交的部将康茂才修书陈友谅，假称为陈友谅充当内应，诱其深入，再令李善长在新河口跨水筑虎口城，用兵驻守，同时命冯国胜、常遇春率帐前五翼军三万人伏于石灰山侧，徐达驻大胜港，张德胜、朱虎率水师出龙江关，自己则亲率大军于卢龙山，四面设伏，只等陈友谅的战船驶入包围圈。
十二月，陈友谅率舟师东下，朱元璋趁其立足未稳，指挥各路伏兵围攻，陈友谅军中大乱，士兵纷纷乘战船逃跑，此时正逢退潮，巨舰多数搁浅，朱军大获全胜，俘敌两万人，降陈军将领张志雄、梁铉、喻国兴、刘世衍等人，缴获巨舰百余艘。陈友谅乘战船逃走。朱元璋率军乘胜追击，夺回安庆、太平，接着又攻占了江西的许多州县，实力大为增强。
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