本课题研究的重点在于对清初藏传佛教高僧同萨满教的斗争和清朝前期清廷对蒙佛教政策的细致探讨。我们在研究中已经认识到，本课题研究的内容涉及面广，且需要搜集、利用汉、蒙、藏等多语种资料，是本课题的难点所在。有幸的是，课题主持人及主要成员都不同程度地分别掌握了少数民族文字，具有较高的解读史料能力。至于对藏传佛教的一些教理、固有名词的正确阐释等难度较大的工作，我们通过请教在这一领域的专家学者的方法克服了困难。对于研究过程中出现的其他新的问题，比如藏文史料的匮乏、汉文文献中存在的少数民族语言固有名词译名的不统一等问题，我们将继续请教国内外这方面的专家或继续与国内外同行学者进行积极交流，努力挖掘新史料，不断提高综合能力，不断提升我们的研究水平。
总之，本课题研究主要对清朝前期蒙古地区藏传佛教与萨满教抗衡的历史进程、蒙古人对藏传佛教所采取的态度以及清廷对蒙佛教政策的历史性变迁等，进行了较系统的认真探讨。其基本思路是：先着重探讨了清初藏传佛教与蒙古人传统宗教之间的关系史，其中主要包括16世纪后期蒙古统治者对萨满教的禁令和藏传佛教与蒙古萨满教从抗衡到融合的历史进程等。接着探讨蒙古人对藏传佛教的传人所采取的态度和政策，主要以17世纪前期蒙古大汗林丹汗的政教活动及其政治、宗教都城金刚白城为个案研究。然后深入研究17-18世纪藏传佛教在蒙古地区逐渐走向兴盛的根本原因，主要以清朝佛教政策的重大举措为主线，对清朝对蒙佛教政策几个主要内容进行了探讨。
本课题研究在研究方法上主要采取了宗教学、历史学和蒙古学等多学科相结合的研究方法。为做到立论有据、脉络清晰和观点明确，在具体阐述历史进程时，主要以清初蒙古高僧的传记和清朝对蒙佛教政策的重要史实为线索，紧紧围绕基本史料和主题进行了实证考述。在史料和资料方面，尽量利用新近发现的各种档案资料，蒙、汉等民族文字资料和日、英等外文资料以及各种网络资源，并注意运用清史、中国近代史和中国少数民族史等多学科知识进行研究。
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