这是一个关于友谊、决心和毅力的故事。作品讲述了性情古怪孤僻的小女孩玛丽的成长故事。玛丽在父母双亡后，被接到了姑父的庄园居住。古老的庄园里埋藏着无数的秘密：上百个关闭的房间，神秘的夜半哭声，会带路的知更鸟，乖戾的老园丁，可以与动物们交流的男孩，还有一座被封闭的秘密花园。伴随着玛丽心灵的复苏与成长，她在秘密花园中探索出了一个又一个的秘密。

第一章 一个也没剩下
第二章 玛丽小姐倔乖乖
第三章 穿过荒原
第四章 玛莎
第五章 走廊里的哭声
第六章 “是有人在哭嘛——是真的嘛！”
第七章 花园的钥匙
第八章 引路的知更鸟
第九章 人世间最古怪的房子
第十章 迪康
第十一章 槲鸫的窝巢
第十二章 “我能有一小片地吗？”
第十三章 “我是科林”
第十四章 一位小王爷
第十五章 筑巢
第十六章 “我就不来！”玛丽说
第十七章 大发雷霆
第十八章 “你可不能浪费时间”
第十九章 “春天来到了！”
第二十章 “我会一直——一直活下去的！”
第二十一章 本·韦瑟斯达夫
第二十二章 太阳西下时分
第二十三章 魔法
第二十四章 “让他们笑吧”
第二十五章 帘幕
第二十六章 “那是妈妈！”
第二十七章 在花园里