《朱子学年鉴（2018）》：
吕祖谦和朱熹在史学研究方面有些主要区别。朱熹特别注重经的地位，吕祖谦则认为经与史同等重要。同时他们两人都认为上古三代才是黄金时代，朱熹将天理和修身之道作为思想的准则，但吕祖谦更关注制度所产生的历史效果。在对历史人物的评价方面，朱熹关注道德问题，吕祖谦则更注重制度因素。在评论历史学家方面，朱熹首先看他们的道德修养，吕祖谦则较少关注史学家的个性，而是注重用历史来解释历史。朱熹从天理的角度出发来看待历史，而吕祖谦将天理融入到历史当中。
在西方学界，马恺之（KaiMarchal）教授对吕祖谦的政治思想及其与朱熹的关系有最深入的研究。这两位道学家都认为通过个人修身进德提升儒家道德理想，进而可以从根本上促成社会和国家的变革。他们在社会和政治的道德楷模中，特别是从孟子及北宋儒家那里继承了自信。虽然两人都取法子儒家经典，相对于朱熹而言，吕祖谦更加主张儒家激进的政治改革。因此相较于吕祖谦而言，朱熹倾向于远离国家社会经济政治改革，而更倾向于提高个人及群体的道德修养。吕祖谦在其最后两年对政治上的挫败感到失望，所以如果他能像朱熹一样长寿的话，他对儒家道德能在根本上改革社会和政治体制的观点也许也会有所动摇。尽管如此，有关儒家政治和制度改革方面的主张成为他们之间主要的不同点。这些分歧无疑反映了他们社会政治地位的差异，然而这些也是他们两人思想差异的反映。
比如吕祖谦对王安石（1021～1086）的评价就比朱熹要积极得多，如他认为王安石所进行的制度改革加强了中央政府的力量，使军队战斗力进一步提升，促进了商品经济的发展并提高了国家的行政效率。虽然吕祖谦也批评了王安石，但吕祖谦表达了一个和王安石相同的目标，马恺之总结为：“通过大规模的重组国家机构以进行全面的制度改革，从而建立一个更加有为的政府以应对社会和政治上的挑战。”吕祖谦对制度和史学的研究不但为改革提供了具体的理念和制度，还使他比道学阵营中大多数试图通过《周礼》中理想化的描述来恢复周朝的社会和政治秩序的人更加务实。比如在公元780年杨炎“两税法”的推行消除了在市场上购买土地的障碍后，恢复“井田制”的目标变得日益渺茫。但吕祖谦仍然很有信心，相信通过实际努力重建宗族谱系、加强地方武装，可以在社会上恢复由来已久的秩序和儒学家庭伦理。比如他曾写到虽然全面复兴古代制度风俗十分困难，但也有可能通过限制私有财产和保留地方武装开始逐步恢复。
马恺之也反驳一些现代学者对吕祖谦的批评，同时这也是对朱熹批评吕祖谦博杂和对最基本的道德概念关注不够的回应。比如朱熹同意一位门人对吕祖谦的描述：“东莱博学多识则有之矣，守约恐未也。”田浩曾指出朱熹对吕祖谦怀有敌意的批评几乎都始于这位好朋友去世之后。在和陈亮以及其他浙东儒者论辩的时候，朱熹认为这是吕祖谦错误的延续。中国现在也有学者指出朱熹后来尖锐批评吕祖谦的一个重要原因在于他追求道学权威并努力限制浙东学派的影响力。
与包弼德教授将吕祖谦描述为“搞分门别类的书生”46不同，马恺之举例说明吕祖谦将自我修身与历史中的真实和他所处的社会结合在一起。吕祖谦的许多研究关注探讨自我修身和政治权力之间的关系。为了尽到士大夫的责任进而影响国家统治，他试图说服皇帝恢复传统的官僚集团以此作为对皇帝行为的制衡。但朱熹试图说服皇帝自愿限制自己的权力，吕祖谦则认识到通过制度限制皇权的必要性。皇权倾向于朱熹而非吕祖谦的一大原因在于与朱熹主张关注皇帝内心道德的转变相比，吕祖谦通过制度来限制皇帝行为的方法看起来不合礼法并具有敌意。因此“与其他儒者思想家相比，吕祖谦较早地意识到‘道德的内化’的政治结果”
魏希德教授也曾对吕祖谦在1168年至1181年期间的道学领导地位提出质疑，她指出为什么吕祖谦没有像朱熹一样经常使用“道学”这一概念？虽然他们在许多方面互相认同或合作，但我们应该了解他们两人的差别。除了其博学和善于综合各种治学方法外，吕祖谦比朱熹更早认识到道学群体是一个政治上的党派。吕祖谦反映作为道学早期的社会政治联盟，其政治理想使得他们能够容忍相当多元的儒家思想。与此相反，朱熹特别喜欢将复杂的问题简化成教化或思想的目的，所以他在使用“道学”来论述他的议题时要比吕祖谦更为严格。在吕祖谦去世之后，朱熹的密切关注反映了他对“醇儒”的认识，并努力清除道学内部被其他思想所影响的人。作为经典和传统的诠释者，朱熹重点关注思想的纯粹性及自己的权威地位，因此这一点也不奇怪，在探索思想意识纯粹性的过程中，朱熹较经常使用“道学”或“道统”等术语。朱熹的这种探索不但在其1181年对吕祖谦的悼词中宣称自己在道学中的领导地位中有所表现，而且在此后十年中他面对陈亮和陆九渊的挑战时显露无遗。
总之，虽然20世纪学者大多忽略了吕祖谦，但自从1992年开始学界在此产生了丰硕的研究成果，而且几乎所有的研究都有力地支持了田浩对吕祖谦在1168年到1181年之间是最重要思想家的评价。主要观点包括：一是吕祖谦是一个重要的哲学家以及“主盟斯文”，他也是社会的精英、史学家和士大夫；二是他建立了浙东学派的思想基础，特别将心的修养与研究历史和经典相结合；三是他的博学并没有削弱他和张载及二程的思想渊源，此外他投身于修身；四是他作为道学家领袖并不受师承或某个派别的限制；五是吕祖谦对朱熹的重要影响在于其对经典的认识、书院教学和编纂《近思录》等，在宋代以后他对浙东地区的儒者仍然发挥着重要的影响。
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